Σαν σήμερα, το 2017, η ΑΕΚ ανακοίνωσε την απόκτηση του Μάρκο Λιβάγια από τη Λας Πάλμας με τη μορφή δανεισμού και οψιόν αγοράς. Λίγοι τότε μπορούσαν να φανταστούν ότι ο Κροάτης επιθετικός θα εξελισσόταν σε έναν από τους σημαντικότερους παίκτες της σύγχρονης ιστορίας της Ένωσης.
Από το καλοκαίρι του 2017 έως τον Φεβρουάριο του 2021, ο Λιβάγια φόρεσε τη φανέλα της ΑΕΚ σε 147 αγώνες, σημειώνοντας 42 γκολ και μοιράζοντας 29 ασίστ. Με το πάθος, την ποιότητα και την ηγετική του προσωπικότητα, έγινε σημείο αναφοράς για την ομάδα και αγαπήθηκε όσο λίγοι από τον κόσμο της.
Η κορυφαία στιγμή της παρουσίας του στα κιτρινόμαυρα ήρθε τη σεζόν 2017-18, όταν αποτέλεσε τον μεγάλο πρωταγωνιστή στην πορεία προς την κατάκτηση του πρωταθλήματος, του πρώτου για την ΑΕΚ έπειτα από 24 χρόνια. Οι εξαιρετικές εμφανίσεις του τού χάρισαν και τον τίτλο του πολυτιμότερου παίκτη της Super League.
Παράλληλα, συνέβαλε καθοριστικά στις ευρωπαϊκές πορείες της ΑΕΚ, οδηγώντας την στους «32» του UEFA Europa League τη σεζόν 2017-18 και στα προκριματικά του UEFA Champions League την επόμενη χρονιά.
Η συνεργασία των δύο πλευρών ολοκληρώθηκε τον Φεβρουάριο του 2021. Παρά τις προσπάθειες για ανανέωση της συνεργασίας, οι συζητήσεις δεν κατέληξαν σε συμφωνία και ο Λιβάγια αποχώρησε κοινή συναινέσει, επιστρέφοντας στην πατρίδα του για λογαριασμό της Χάιντουκ Σπλιτ.
