Αμέσως μετά τον υποβιβασμό τα Χανιά έθεσαν ως πρώτη προτεραιότητα να δημιουργήσουν μία ομάδα που θα επιστρέψει άμεσα στις επαγγελματικές κατηγορίες. Οι Κρητικοί από την αρχή ξεκίνησαν συζητήσεις με τον Νίκο Νιόπλια, ώστε ο τελευταίος να αναλάβει την ηγεσία της ομάδας. Ο Έλληνας προπονητής αποτελεί κι επίσημα τον τεχνικό του συλλόγου με τα Χανιά να αναφέρουν μεταξύ άλλων: «Ο Νίκος Νιόπλιας αποτελεί μία από τις σημαντικότερες προσωπικότητες του ελληνικού ποδοσφαίρου, με σπουδαία διαδρομή τόσο ως ποδοσφαιριστής όσο και ως προπονητής, έχοντας συνδέσει το όνομά του με μεγάλες επιτυχίες σε συλλογικό και εθνικό επίπεδο. (…) Μετά το τέλος της ποδοσφαιρικής του καριέρας ακολούθησε με επιτυχία την προπονητική. Ξεκίνησε από τις μικρές εθνικές ομάδες, οδηγώντας την Εθνική Νέων στον τελικό του Ευρωπαϊκού Πρωταθλήματος το 2007 στην Αυστρία, ενώ είχε προηγηθεί και η πολύ καλή παρουσία στο EURO Νέων του 2005.
Ακολούθησε η ανάληψη της Εθνικής Ελπίδων και στη συνέχεια ο Παναθηναϊκός, με τον οποίο κατέκτησε το νταμπλ της σεζόν 2009-10 ως προπονητής. Στη συνέχεια εργάστηκε στην Εθνική Κύπρου, στον Ατρόμητο, στον ΟΦΗ σε διάφορους ρόλους, αλλά και στον Λεβαδειακό, ενώ συνολικά μετρά 205 αγώνες ως πρώτος προπονητής, με 95 νίκες, 47 ισοπαλίες και 63 ήττες. Η παρουσία του Νίκου Νιόπλια στα Χανιά σηματοδοτεί μια νέα εποχή για τον σύλλογο, με στόχο τη δημιουργία μιας ανταγωνιστικής ομάδας με ταυτότητα, πλάνο και φιλοδοξίες».
