Σαν σήμερα το 1929, γράφτηκε μια καθοριστική σελίδα στην ιστορία του ΠΑΟΚ, όταν πραγματοποιήθηκε η ιστορική συγχώνευση με την ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, αλλάζοντας ουσιαστικά την ταυτότητα του συλλόγου.
Οι ρίζες των δύο σωματείων συνδέονται με τους πρόσφυγες της Κωνσταντινούπολης που εγκαταστάθηκαν στη Θεσσαλονίκη μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή. Παρότι είχαν κοινή προέλευση από την Ένωση Κωνσταντινουπολιτών, ο ΠΑΟΚ και η ΑΕΚ Θεσσαλονίκης ακολούθησαν αρχικά παράλληλους αλλά ανταγωνιστικούς δρόμους.
Ο μεν ΠΑΟΚ υιοθέτησε πιο ανοιχτή προσέγγιση προς όλους τους Θεσσαλονικείς, ενώ η ΑΕΚ παρέμεινε αρχικά πιο αυστηρή ως προς τη συμμετοχή προσφύγων αθλητών. Η αντιπαλότητα έλαβε τέλος την άνοιξη του 1929 με πρωτοβουλία του γιατρού Καραμαούνα και τη συμβολή σημαντικών παραγόντων της εποχής.
Ο ΠΑΟΚ απορρόφησε τα αθλητικά τμήματα της ΑΕΚ Θεσσαλονίκης, ολοκληρώνοντας τη διαδικασία συγχώνευσης. Η αλλαγή αυτή έφερε και την καθιέρωση του Δικεφάλου Αετού ως νέου εμβλήματος του συλλόγου.
Ο αετός του ΠΑΟΚ, με κλειστά φτερά, συμβολίζει το πένθος για τις χαμένες πατρίδες και τιμά την προσφυγική καταγωγή του συλλόγου από την Κωνσταντινούπολη.
